本所於民國四十三年七月一日奉令成立，羈押一審刑事被告，原址在花蓮市中山路，自五十四年臺灣高等法院花蓮臨時庭成立，增為羈押一、二、三審刑事被告場所，收容人犯日漸增多，舊所不敷容納，乃於五十六年七月遷建花蓮市美崙日新崗一號現址，本所面積六二五五坪（內含少年觀護所四六五坪）圍牆內計有二五○○坪（約○、八三公頃），圍牆外計有三七五五坪；並於六十年七月成立臺灣花蓮少年觀護所，成立之初，成年、少年被告混合收容，迨至七十三年四月新建少年觀護所房舍完成後，乃正式分界收容。六十七年九月法務部為疏減花蓮監獄人犯擁擠，在不增加人員及經費的原則下，在本所設立分監，八十一年八月一日設立留置所，八十六年四月十六日起收容由臺東地方法院上訴至二審花蓮高分院之治平專案收容人；八十七年五月二十二日起配合毒品危害防制條例施行，執行觀察勒戒業務，一切業務均由現有人員兼辦。

民國一○○年一月一日法務部矯正署成立，本所改隸於矯正署，並更名為法務部矯正署花蓮看守所；原臺灣花蓮少年觀護所更名為法務部矯正署花蓮少年觀護所。